Não fossem suficientes as mudanças na escola, os jovens ainda deve aprender a lidar com as mudanças nos seus aspectos físico, emocional e social e, por isso, o suporte da escola, da família e dos amigos faz toda a diferença.

Neste período que corresponde do 6º ao 9º ano, o Colégio Monteiro Lobato tem como objetivo a ampliação do universo científico e cultural do aluno, o desenvolvimento do seu raciocínio lógico, sua argumentação, capacidade crítica e o estímulo à construção do conhecimento.

Os alunos aprendem fazendo, conhecendo e vivenciando por meio de metodologias de aprendizagem que aprimorem a capacidade de argumentar, discutir e investigar. Desta forma, ao longo do Ensino Fundamental os alunos tornam-se independentes, autônomos, críticos, criativos e preparados para intervir de maneira consciente e proativa na sociedade.

O currículo escolar do Ensino Fundamental II do Monteiro também é composto de uma carga horária diferenciada com 30 horas de aula semanais e além das matérias básicas, o aluno tem aulas de Filosofia e Espanhol, aulas de Inglês todos os dias, e as atividades esportivas extracurriculares são gratuitas.

A atenção individual às necessidades pedagógicas, intelectuais e sociais de cada aluno são prioridade do trabalho da Orientadora Educacional e completa todo o trabalho desenvolvido para que o aluno, ao concluir o Ensino Fundamental, esteja confiante e preparado para sua última etapa escolar: o Ensino Médio.